牡蛎大都雌雄异体,个别也呈雌雄同体。在繁殖季节,牡蛎内脏团周围充满了白色的性腺,背面延伸到食道上方,腹面达腹嵴的末端,外观难于区分雌雄。牡蛎的生殖腺大致可分为三部分,即滤泡、生殖管和生殖输送管。滤泡是由生殖管的分枝沉没在周围的网状结缔组织内膨大而成的囊状结构。它是产生精子和卵子的主要部分。生殖管呈分枝状,管壁由纤毛上皮细胞和生殖上皮细胞构成。纤毛上皮可利用纤毛的摆动将成熟的生殖细胞送到生殖输送管中。生殖上皮可以产生生殖细胞。生殖输送管道是由许多生殖管汇合而成的粗大导管,仅有纤毛上皮,无生殖上皮,它仅起输送成熟精、卵的作用。它开口于泌尿生殖裂。
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