从分类学上主要是子囊菌类和担子菌类。子囊菌属于子囊菌亚门，担子菌属于担子菌亚门。子囊菌类绝大多数尚未完全人工栽培，有的仅是半人工栽培，或栽培技术尚未完全成熟，如块菌、羊肚菌。目前人工栽培的几乎全都是担子菌类，如平菇、香菇、木耳、猴头、灰树花、金针菇、滑菇、鸡腿菇、杨树菇、长根菇、榆耳、金耳、双孢蘑菇等。
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