菠菜种子实际上属于植物学的果实。胚珠受精后，胞片硬化，成为整个果实的外壳，故也称为胞果。有的品种在胞片上能长出1～6个突起，成为刺。所以，菠菜依果实形状可分为刺籽菠菜和圆籽菠菜两大类型。刺籽菠菜一般有刺两个，果实呈菱角状。圆籽菠菜果实呈圆形、卵圆形或椭圆形。由于菠菜种子（即果实）的果皮太厚，坚硬，不易透水透气，常使发芽缓慢。如果在播种前将种子搓一搓，可以将种子的果皮搓破，可便于种子在播种后较快吸水、透气，故有利于快出苗。
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