赤霉病从小麦幼苗期就可发病，引起苗腐、茎基腐和穗腐，其中以穗腐最为普遍和严重。
苗腐是由于种子带病或土里的病残体带菌引起的，轻则病苗长势弱，重则死苗，病苗没有穗腐时的粉红色霉层，只是根部变褐。苗腐春麦区易发生。
穗腐是小麦扬花期病菌入侵引起的，起初在小麦穗上出现水渍样的病斑，以后麦穗枯黄；气候潮湿时，病穗上产生粉红色霉层，此病流行时，田间可见明显的红色麦穗。病菌为害穗颈时，穗颈变褐。
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