从成品性状看。我国微生物肥料的制成品剂型主要分为液体和固体两种。液体有的是由发酵液直接装瓶，也有试用矿油封面的；固体剂型主要以草炭为载体，分粉剂、颗粒两种剂型，近年来也有用蛭石为吸附剂的。还有用发酵液浓缩后冷冻干燥的制品。
从内含物看，有单菌株制剂、多菌株制剂，也有微生物加增效物(如化肥、微量元素和有机物等)。近年还有施用量较大的复合微生物肥料作为我国的微生物肥料生产应用，过去一直没有底肥。
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