主要从事水稻的基因定位、克隆和品种选育研究。重点围绕水稻品质、超高产、抗病虫、抗逆等性状，构建高密度新型分子标记图谱，开展相关新基因的精细定位、克隆和遗传转化，并进行水稻功能基因组学、蛋白质组学和生物信息学研究；建立和完善分子设计高效育种体系，与常规育种相结合，培育具有市场竞争力的优质水稻新品种。
2000年以来，获中国高校自然科学一等奖1项（2000），获中国农科院科技进步二等奖3项（2002~2004），获浙江省科技进步二等奖1项（2006），获江苏省科技进步二等奖1项（2007），获国家科技进步一等奖1项（2010，第一完成人），申请专利及品种权23项，获得专利及品种授权8项。撰写专著3部，在国内外核心学术期刊发表论文200余篇，其中SCI论文50余篇。2001年获得中国农学会“全国优秀农业科技工作者”称号，江苏省人民政府授予“江苏省农业科技先进工作者”称号，2002年获得“江苏省有突出贡献中青年专家”称号，2003年获得江苏省“五一劳动奖章”，2005年获得国务院特殊津贴和“农业部有突出贡献中青年专家”称号。2006年被评为人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选。
1、耐贮藏水稻的筛选方法.
中国发明专利，ZL00132248.6
2、一种肾脏病和糖尿病人专用水稻品种的选育方法，中国发明专利，ZL02157240.2。
3、一种耐贮藏水稻品种的选育方法，中国发明专利，ZL.2。
4、水稻主效抗条纹叶枯病位点的分子标记方法，中国发明专利，申请号
5、水稻品种抗褐飞虱基因位点的分子标记方法，中国发明专利，申请号2.3
6、水稻品种抗褐飞虱主基因bph2的分子标记方法，中国发明专利，申请号2.2
7、水稻叶绿素合成酶突变基因及其基因工程应用，中国发明专利，申请号2.3，申请日2007.6.13
8、软米水稻低直链淀粉含量基因位点的分子标记方法，中国发明专利，申请号2.8，申请日2007.7.26
9、一种聚合低谷蛋白和抗条纹叶枯病的水稻品种的选育方法，中国发明专利，申请号2.6，申请日2008.8.22
10、低水溶性蛋白W3660，品种权号CNA20020113.1
11、优质、耐贮藏水稻W017品种权号CNA20020290.1
12、宁粳1号品种权号CNA20030547.6
13、高γ-氨基丁酸含量功能性水稻品种W025品种权号CNA20030548.4
14、宁粳2号获得新品种权，品种权号CNA20040146.7
15、优质、穗大粒多、高抗强恢复系W107申请新品种权，申请号20050287.5
16、优质、高产、多抗杂交稻新组合Ⅱ优107申请新品种权，申请号20050288.3
17、强恢复系W102
申请号20060245.4，公告号CNA002932E
18、优质、高产、多抗新组合协优102
申请号20060244.6，公告号CNA002931E
19、优质、高产、多抗新组合协优107
申请号20060243.8，公告号CNA002930E
20、W006申请号20070392.7,
公告号CNA004139E
21、品种W1721己于2007年12月14日上交，申请号是：20070659.4
22、品种W008己于2008年4月22日上交，申请号是：20080209.7
23、品种W010己于2008年4月22日上交，申请号是：20080210.0
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